初次感染生殖器皰疹的患者中，80～90為隱性感染，即沒有臨床癥狀。顯性感染只是少數，一般初次感染恢復后多數轉為潛伏感染。

　　(1)原發性生殖器皰疹：潛伏期2～7天。患者有頭痛，肌痛，發熱、無力等全身癥狀。原發損害是1個或多個瘙癢的紅色丘疹，迅速變成水皰，3～5天后皰疹破潰形成糜爛、潰瘍，伴有疼痛。皮損單發或愈合，男性好發于龜頭、冠狀溝、陰莖體或尿道口，女性多發于陰唇、肛周或陰道，約90同時侵犯子宮頸，也可累及直腸黏膜。一般全身癥狀可持續5～7天，整個發病過程約6周。痊愈后仍存在復發的機會。

　　(2)復發性生殖器皰疹：多在原發感染后1～4個月內復發，復發率約為60。疲勞、消化不良、月經來潮、氣候變化、情緒波動等都能成為誘發因素。復發時多仍在原發部位，臨床表現與原發性的相似，但癥狀輕，皮疹范圍小，病程也短，一般在數日內可自愈。復發前1～2天，局部常有刺癢或燒灼感等前驅癥狀。臨床上所見到的復發性生殖器皰疹患者絕大部分為男性，女性患者由于癥狀不明顯常不來就診。發病后病程較短，一般平均8天能痊愈。

　　(3)直腸肛門皰疹病毒感染：發生在男性同性戀者。患者肛門直腸疼痛，肛門有分泌物，大便時有里急后重感。

　　(4)新生兒感染：孕婦發生原發性生殖器皰疹常可導致流產、早產、胎兒異常甚或死胎。50新生兒感染是發生在經原發感染孕婦產道分娩時，可出現熱、皰疹、肝脾結腫大、腦炎、敗血癥，可致死亡。孕婦復發感染時，新生兒感染的機會為5。