生殖器皰疹的病原體是單純皰疹病毒(HSV)，是雙鏈DNA病毒，屬于人類皰疹病毒亞科。單純皰疹病毒分為兩型即HSV-1和HSV-2。人類是HSV的宿主，HSV離開人體則不能生存。

　　HSV對熱和干燥比較敏感，在50℃濕熱環境下或90℃干燥環境下30分鐘即可滅活，一般消毒劑、紫外線、乙醚、乙醇、氯仿等均可使之滅活。HSV-1主要通過呼吸道、皮膚和黏膜密切接觸傳染，引起口唇、咽、眼及皮膚感染，約10亦可引起生殖器感染;HSV-2是生殖器皰疹的主要病原體(90)，主要通過性交傳染，存在于皮膚和黏膜損害的滲出液、精液、前列腺分泌液中，引起原發性生殖器皰疹。

　　由于HSV具有嗜感染神經而形成潛伏感染狀態的特性，因此原發性生殖器皰疹消退后、殘存的病毒經周圍神經逆行沿神經軸索可長期潛存于骨氐神經節，進入潛伏感染狀態。當機體抵抗力降低或某些激發因素如受涼、發熱、感染、創傷、月經、勞累等因素作用下，可使體內潛伏的病毒激活而復發。